L'EDI se pratique à l'aide de messages échangés en format structuré permettant un traitement automatisé par vos applications informatiques. L'échange se fait d'ordinateur à ordinateur via un protocole de télécommunications et un logiciel EDI qui permet de convertir des formats de fichier applicatif en format EDI structuré et réciproquement. Le format d'échange peut être un format UN/EDIFACT, un format xml ...

Pour la facture électronique en France, 3 formats dits du socle ont été retenus, s'appuyant sur la norme de la facture électronique EN 16931 :

• format xml UBL
• format xml CII
• format Factur-X (format PDF qui encapsule le fichier de données xml CII)